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16S/ITS分型

來源:萬物生物   發(fā)布時間:2021-11-02

16S /ITS菌種鑒定

通過DNA 測序?qū)ξ⑸镞M行物種鑒定(菌種鑒定)是比傳統(tǒng)生化鑒定更先進的鑒定方法。DNA 測序不依賴菌種本身特點,對所有菌種均可使用。比傳統(tǒng)生化鑒定更加快速,準確。萬物生物提供的微生物物種鑒定服務(wù)包括細菌16s rDNA鑒定和真菌26s rDNA鑒定、真菌ITS和真菌18s 鑒定。

提供樣品

基因組DNA:濃度≥ 10 ng/μl,總體積≥ 20 μl,革蘭氏陽性細菌由于細胞壁較厚,最好提供基因組DNA;

帶有單菌落的平板或斜面:應(yīng)長有至少分離三次以上的單菌落。

交付報告

PCR 產(chǎn)物照片;

菌種鑒定NCBI 參考結(jié)果;

測序彩色波形圖;

測序方向圖;

序列堿基圖。


16S DNA測序技術(shù)服務(wù)

技術(shù)原理

16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區(qū)和9個高變區(qū),其中保守區(qū)在細菌間差異不大,高變區(qū)具有屬或種的特異性,隨親緣關(guān)系不同而存在差異。16S rDNA擴增子測序,通常是選擇1-2個高變區(qū),利用保守區(qū)設(shè)計通用引物進行PCR擴增,再對高變區(qū)進行測序分析和菌種鑒定。16S rDNA擴增子測序技術(shù)是研究環(huán)境樣品中微生物群落結(jié)構(gòu)組成、挖掘樣品之間差異的重要手段。


16S rDNA結(jié)構(gòu)示意圖


16S rDNA常用引物



實驗路線


為提高數(shù)據(jù)的利用效率,擴增子通常進行混樣建庫,為此需要在上下游引物的5’端加6-8個堿基的barcode序列,用于區(qū)分不同的樣品;PCR產(chǎn)物檢測合格后,等質(zhì)量混合到一起,構(gòu)建PCR-free文庫并上機測序。


技術(shù)路線




樣本要求




注:擴增子測序結(jié)果的準確性受DNA質(zhì)量影響較大,所以前期樣本采集的過程一定要保證快速和低溫環(huán)境,提取過程也要確保DNA的完整性和提取量。


實驗周期 

樣本質(zhì)檢合格后,22個工作日。


一站式整體科研服務(wù),成就更高水平的科研成果

標書基金實驗咨詢       表觀遺傳組學分析

課題實驗結(jié)題指導       細胞分子功能驗證

實驗培訓文章潤色       動物模型裸鼠成瘤

臨床檢測科研轉(zhuǎn)化       病理染色分子互作

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